小分子活性肽作為疫苗、診斷試劑、藥物以及藥物先導(dǎo)化合物已成為藥物研究領(lǐng)域的新趨勢。小分子活性肽有多種篩選方法：基于噬菌體展示肽庫、隨機(jī)合成多肽庫、反義多肽庫、蛋白質(zhì)降解（酶法、化學(xué)法）、MHC-多肽復(fù)合物、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測等。
噬菌體展示肽庫篩選是比較成熟的篩選方法。通過3輪篩選，可獲得較理想的菌株，通過DNA測序推測其表達(dá)的小分子肽序列，再通過定向合成來驗證小分子肽的生物活性。其缺點是庫容多樣性易受到多種因素的影響，且獲得的是小分子肽親和力較低。
隨機(jī)合成肽庫可根據(jù)客戶的需求進(jìn)行合成，通常生產(chǎn)周期短，庫容大，合成一個含10個氨基酸的肽庫，其庫容可達(dá)到1012。通常隨機(jī)合成肽庫有2中合成方法：分開再混合（split and mix）和氨基酸預(yù)混合（pre-mix）。分開再混合的方法獲得的肽庫，其不同序列的含量較一致且每個樹脂球只含有一種多肽。氨基酸預(yù)混合法獲得的肽庫，其不同序列的含量千差萬別，可能會造成篩選失敗。由于庫容過于龐大，對篩選到的活性多肽進(jìn)行結(jié)構(gòu)鑒定是非常具有挑戰(zhàn)性的一項工作。
反義肽庫篩選，反義肽庫是根據(jù)生物學(xué)原理設(shè)計的肽庫，其篩選成功率高，但需要確定目標(biāo)蛋白關(guān)鍵區(qū)域的氨基酸序列。通?？梢赃\用Clustal X等生物信息分析軟件進(jìn)行比對分析確定關(guān)鍵區(qū)域的氨基酸序列。氨基酸序列確定后，根據(jù)Meker-Idlis（M-I）理論，設(shè)計反義肽庫。此時，可以直接合成反義肽庫進(jìn)行多肽篩選，也可以通過軟件（Discovery Studio）進(jìn)行模擬篩選獲得容量更小的肽庫。此類篩選方法由于目標(biāo)明確且肽庫庫容較?。ㄒ粋€含10個氨基酸的反義肽庫，其庫容僅103。），較容易篩選到目標(biāo)多肽并進(jìn)行結(jié)構(gòu)確認(rèn)。
篩選到目標(biāo)多肽后，可以通過構(gòu)建不同的多肽文庫，進(jìn)行功能區(qū)域的確認(rèn)和篩選到活性更強(qiáng)的多肽。
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